שנות ה-70 וה-80 של המאה שעברה היו "תור הזהב" של מכבי נתניה. המועדון זכה לאורך שני העשורים ב-5 אליפויות, בגביע המדינה ובמפעל האינטרטוטו האירופאי.
בעונת 1970-71 נרשמה האליפות הראשונה, כאשר באותה עונה כיכבו במועדון שחקנים דוגמת אלברט גזל, ויקטור סרוסי, מיכאל לופא קדוש, ישראל חג'ג' וגדול כדורגלני ישראל מוטל'ה שפיגלר.
עונת 1978-79 נחשבת לעונה הגדולה ביותר של המועדון: הקבוצה קטפה את הדאבל היחיד בתולדותיה, כשבמשחק גמר הגביע ניצחה 1-2 את בני יהודה תל אביב משערים של עודד מכנס ומושיקו גריאני. באותה העונה זכתה מכבי נתניה גם בראשות הבית במפעל האינטרטוטו האירופי. המועדון קיבל את תואר ההגינות לעונת המשחקים, ושחקני הקבוצה זכו כמעט בכל תואר אישי אפשרי: דוד לביא חגג את מלכות השערים וראש הפז (מלך הנגיחות), אלברט גזל היה למלך הבישולים, עודד מכנס נבחר לשחקן העונה וכ-7 שחקנים נבחרו ל-11 של העונה. את הקבוצה אימן שמוליק פרלמן ז"ל.
האליפות האחרונה של המועדון הושגה בעונת 1982-83. זו העונה בה טבע המאמן שפיגלר את הביטוי "נתניה ועוד 15", לציון הדומיננטיות של הקבוצה בשנים הללו. הקבוצה באליפות הליגה בפער של 14 נקודות מהמקום השני.
דעיכה
מסוף שנות השמונים ואילך, ידע המועדון דעיכה הדרגתית, שהפכה במרוצת הזמן למשבר רבתי. מכבי נתניה התקשתה להסתגל לעידן הכלכלי המשתנה, התשתיות הלכו והוזנחו, פס ייצור השחקנים נחלש, והמועדון החליף ידיים ניהוליות. בעונת 1994-95 מכבי נתניה ירדה לליגת המשנה, שם בילתה ארבע עונות אשר בעונת 1998-99 חזרה לליגה הראשונה, תחת הדרכתו של אורי מלמיליאן.
גם בשנות ה-2000 המשיכה הנדנדה של הקבוצה, אשר ירדה ליגה בעונות 2003-4, 20011-12 ו-2015-16. בכל הפעמים הקבוצה חזרה לליגת העל לאחר עונה אחת בלאומית. הישג השיא באותן שנים היה הגעה כקבוצת ליגה לאומית לגמר גביע המדינה 2013-14, בו הפסידה לעירוני קרית שמונה.
תחייה
לקראת עונת 2016-17 הגיע המועדון לעברי פי פחת. עם ירידת הליגה הוא נשלח לפירוק, וממאזן הקבוצה הורדו 9 נקודות כצעד ענישה בגין מחדלים כלכלים שנתגלו בניהולו. המועדון נקנה אז על ידי אייל סגל, אוהד הקבוצה. כבר בעונה הראשונה הצליח המועדון להשתקם, ולעלות לליגת העל.
הנסיקה נמשכה בעונה העוקבת, 2017-18: עם החזרה לליגת העל הקבוצה הגיע למקום החמישי בטבלה הסופית (פלייאוף עליון), תוך הצגת כדורגל מלהיב והמשך חזרה עקבית של קהל האוהדים ליציעים. החלוץ דיא סבע היה למלך שערי הליגה עם 24 כיבושים, והקשר המוביל של מכבי נתניה מאז תחילת העשור, ערן לוי, היה למלך הבישולים (11 במניין). ההיסטוריה של מועדון הפאר ממשיכה להירשם בימים אלה.